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Tres años estuvo en Segunda A, y en la temporada 90-91 volvió a descender a la categoria de bronce. Durante las siguientes tres temporadas, desde la 92-93 a la 94-95 la Unión jugó en Segunda B. Juan Manuel Lillo se hizo cargo del equipo en la temporada 92-93, y en la temporada 93 - 94 lo ascendió a Segunda y en la siguiente temporada 94-95 se ascendió a Primera con Lillo como entrenador.
Solo duró un año (temporada 95-96) el sueño en Primera. Tras la temporada 96-97 en Segunda División, se volvió a ascender, con Andoni Goicoechea como entrenador en Mendizorroza (Vitoria), con 10.000 salmantinos en las gradas y con un contundente 0-4 al Deportivo Alavés.
En la temporada 97-98 el equipo se mantuvo en Primera con goleadas a grandes equipos, 4-3 y 1-4 al FC Bacerlona (la victoria en el partido de vuelta fue ante el Barça ya campeón, con Van Gaal en el banquillo), 6-0 al Valencia y 5-4 al Atlético de Madrid ( en este partido el delantero italiano del Atlético Vieri marcó los 4 goles para su equipo).
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La siguiente temporada 98-99 el equipo descendió a Segunda División y, por tanto, desde 1999 la Unión Deportiva Salamanca no milita en Primera División.
Seis temporadas seguidas, desde la temporada 99-00 a la 04-05, ha estado en Segunda División A, y en la temporada 04-05, ha descendido a Segunda División B, con Andoni Goicoechea como entrenador.
Latemporada 05-06, con Javi López como entrenador logró el campeonato del grupo II de Segunda B y en el playoff derrotó a la U.D. Gramanet y en la última y definitiva eliminatoria, ante el Sevilla B empató en la ida a cero en el Sánchez Pizjuan, ante más de 22.000 espectadores y en la vuelta en el Helmántico repleto venció 1-0 con gol de Miku que dió el ascenso a Segunda A.
La UDS permanece desde la temporada 06-07 en Segunda División.
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